שלב שני ב'התבודדות' היא ההודאה ו'הכרת הטוב', עבודה נפלאה, אשר שכרה בצידה גם בעולם הזה, בכחה להוליד בנו אמונה נפלאה שהכל לטובה, שמחה, חיים טובים ונעימים לנו ולסובבים אותנו153.
לצורך העצמת הרגשת הכרת הטוב וההודאה חשוב מאוד שה'הודאה' תהיה לאחר התבוננות ושימת לב, כדי שנוכל להודות ולהכיר טובה, אפילו על הטובות אשר הורגלנו בהם יום ביומו ולא לקבלם כמובן מאליו.
בשלב ראשוני נכון להתמקד תחילה רק בחוויות הטובות שעברו עלינו ולהפנים לליבנו שהם מאהבת ה' אותנו החפץ בטובתנו.
אמנם תדע שתכלית עבודת ה'הודאה' לה' יתברך היא שנוכל גם להודות על הדברים 'שניראו' ו'ניראים' רעים עבורנו, מתוך אמונה תמימה ש"גם זו לטובה".
ע"פ חז"ל, עיקר מטרתו ותחבולתו של היצר הרע הוא, לגרום לנו הסתכלות שלילית על החיים בכלל, ועל העובר עלינו בפרט. היצר הרע מנסה לשכנע אותנו כמה חשוב שנהיה רציניים ו"אמִתיים" בכל הקשור לחסרונותינו ושנתמקד ונחשיב בעיקר את הכישלונות והנפילות, וע"י זה עושק הוא מֵאִתָּנוּ את השמחה ואת רוח החיים, ומשאיר אותנו עם עצבות וחיים המלווים בהרגשת כישלון תמידי, היפך רצון ה' (עיין עוד בנושא הבא).
כח היצר האנוכי, בחינת ה'כפוי טובה' שבנו, כל כך גדול עד שבאפשרותו לגרום לנו להתמקד ולראות רק את הפגם, הרע והחסרון בכל דבר, למרות שרוב ככל היום מלווה ב'מתנות' וחסדים.
דוגמא טובה לכך מצאנו במגילת אסתר. המן הרשע עלה לגדולה במלכות אחשוורוש, עד שכל העולם כולו נכנע והשתחווה לפניו, אך לרוע מזלו, אדם אחד בלבד לא כרע ולא השתחווה לפניו, והוא מרדכי היהודי154, עינו הרעה של המן הרשע הִבְחִינָה והחשיבה רק את הפרט הקטן אשר פגם בשלמות כבודו המלכותי וגרמה לו להרגיש ולהצהיר: "וְכָל זֶה אֵינֶנּוּ שׁוֶֹה לִי בְּכָל עֵת אֲשֶׁר אֲנִי רֹאֶה אֶת מָרְדֳּכַי הַיְּהוּדִי יוֹשֵׁב בְּשַׁעַר הַמֶּלֶךְ" (מגילת אסתר ה' יג').
נקודה אחת, החסרה משלמות הנאת הכבוד והגאווה של בעל המדות הרעות, בכחה לאמלל את כל חייו.
מובא בספר 'משיבת נפש': "כי העיקר הוא להרחיק מעצמו עצבות ומרה שחורה בכל מה דאפשר, כי רוב בני אדם שרחוקים מהשם יתברך עיקר ריחוקם הוא מחמת מרה שחורה ועצבות ומחמת שנופלים בדעתם על ידי שרואים בעצמם עצם קלקולם, שרוב מעשיהם מקולקלים כפי מה שיודע כל אחד בנפשו את נגעי לבבו ומכאוביו (האמת), ומחמת זה הם נופלים בדעתם... (וכאן טעותם שנותנים לאמת להרחיק אותם מה', כי האמת לאמיתה היא שה' לא רוצה שנתרחק)".
יותר ממה שיצר הרע רוצה את העבירה, הוא רוצה את היאוש והעצבות הבאים מחמתה, כי בכך הוא מחליש אותנו מכל עבודת ה'.
153 עיין עוד לקמן בנושא 'הכרת הטוב' ו'אזמרה'.
154 שנאמר במגילה (מגילת אסתר ה' ח'): "וַיֵּצֵא הָמָן בַּיּוֹם הַהוּא שָׂמֵחַ וְטוֹב לֵב וְכִרְאוֹת הָמָן אֶת מָרְדֳּכַי בְּשַׁעַר הַמֶּלֶךְ וְלֹא קָם וְלֹא זָע מִמֶּנּוּ וַיִּמָּלֵא הָמָן עַל מָרְדֳּכַי חֵמָה".